追查国际获悉，2005年6月2日，《大纪元时报》抵达马来西亚（以下简称马国）国际机场时被马来西亚国家安全部（以下简称国安部）扣押。6月17日，国安部书报统制组发出 “出版物调查结果”, 书面通知禁止派发第147和148期《大纪元时报》[1]。7月7日，马来西亚《大纪元时报》经销公司 DZY Marketing接到马国国安部发出的信函，表示大纪元的报导方向与马国维持“马中友好关系”的立场和政策不符，还说《大纪元时报》的报导“不中立”。目前，免费派发了一年多的《大纪元时报》被暂停进口。显然，马国国安部要维持的“马中友好关系” 和保持的“中立”是要以牺牲马来西亚公民知情权、新闻自由、言论自由等为代价的。
据DZY Marketing公司反映[2]，一直以来，都是用这种方式进口《大纪元时报》，从未遇到问题。马国大纪元负责人曾致电国安部官员陈小姐，她承认“有人投诉”，并“很激动的问《大纪元时报》是不是法轮功的报纸…政府由下层至高层都要调查，尤其是《九评共产党》”。
《大纪元时报》是以8种语文版本在全球超过30个国家发行的独立媒体，中文版全球每周发行一百二十万份，成为全球最广泛发行的华文报纸[3]。自2000年8月创刊以来，《大纪元时报》作为一家独立于任何政治势力之上的非营利性媒体，坚持不受中共控制和影响下报导新闻事实，许多被中共极力隐瞒的新闻真相在《大纪元时报》得以曝光，诸如民间维权运动、法轮功及宗教迫害、揭露SARS疫情、六四事件、香港五十万人反二十三条立法、中国金融危机等，不仅帮助国际社会获得第一手真实的中国新闻，也吸引了许多想要了解中国真实现况的读者。
《大纪元时报》成立以来，业务一直受到中共的各种干扰。2000年12月，在中国大陆遭逮捕的大纪元员工，目前仍被关在中国监狱和劳教所内[4]。
2003年11月5日，中国驻澳州悉尼总领馆在《澳洲新报》刊登署名文章攻击《新唐人电视台》及《大纪元时报》[5]等。
2003年12月23日，《大纪元时报》在马来西亚成立了DZY Marketing公司，自2004年2月始，从印尼泗水(Indonesia, Surabaya) 空运进口东南亚版《大纪元时报》到马来西亚，并免费派发。同年8月，《大纪元时报》的英文版、德文、法文、俄文等语版开始陆续发行，日文及西班牙文的语版也在筹备中。
2004年底，《大纪元时报》发表九篇系列社论《九评共产党》，揭露共产党执政五十六年来如何残害中华民族、摧毁中华文化的事实，引起全球巨大的回响。续而引发中国大陆大规模退出中共的浪潮，令中共极度恐惧。有关境内外社会动向的谍报频频传到中国公安部26局（专为迫害法轮功成立的工作局）。
调查发现[6] ，在2004年10月下旬，中国公安部在刘京（公安部副部长，中共中央“610”办公室实际负责人）授意下，由公安部26局在深圳召开北京、天津、上海、山东、广东、江苏、陕西、湖南、安徽九省市公安厅和“610”办公室主任会议，密谋策划对《大纪元时报》、《新唐人电视台》和《希望之声国际广播电台》的干扰破坏方案，其中包括启用“境外秘密力量”、实行“专案派遣工作”（派遣间谍）。为打击海外三大独立媒体投入了大量的人力、物力和财力。
2004年12月21日，《大纪元时报》在美国首都华盛顿的国家记者俱乐部举行《九评共产党》的系列文章讨论会[7]。中国大使馆曾去电要求取消该研讨会，被俱乐部新闻自由委员会的副主席唐纳立先生拒绝。唐纳立先生礼貌的告诉中国外交官国家记者俱乐部的原则和理念，那就是新闻自由和作为一个言论自由的平台。
2005年1月28日， 中国驻澳大利亚使馆新闻发言人发表谈话，把《大纪元时报》九篇系列社论《九评共产党》说成是“反华文章” [8]。
2005年5月14日开始，承印香港《大纪元时报》的印刷厂由于受到来自中共的恐吓威胁，停止为香港《大纪元时报》印刷报纸。
2005年6月， 据泰国官员提供的情况，中国驻泰国大使馆领事参赞胡小兰等外交官干预泰国居民在泰国芭提亚旅游区发放《九评共产党》，向泰国官员公开提出“你们要禁止任何人在芭提亚继续发送，否则，我们会停止中国游客来此地旅游”。并要求泰国方面逮捕发放《九评》小册子的《大纪元时报》义工。
目前在马来西亚发生的事情，正是中共一系列打压《大纪元时报》手段的延续。追查国际掌握大量的资料显示，中共不但长期插手或操控海外中国公民言论自由的程度，扶植符合中共宣传口径的海外华文媒体，还将打击海外独立华文媒体纳为“专案”工作进行。国际社会应该对中共这一干涉别国内政、压制他国新闻、言论自由的行为引起足够的重视和关注。
《大纪元时报》总编辑郭军说：“《大纪元》的存在，就是要打碎中共通过媒体苦心建造的虚幻世界，还给华人一个真实的中国与世界。我们要力挽华人因遭中共煽动而相互仇视的损失，或沦为迫害人权的帮凶悲剧。”
追查迫害法轮功国际组织
World Organization to Investigate the Persecution of Falun Gong (WOIPFG)
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[2] https://www.zhuichaguoji.org/sites/default/files/record/2005/08/534-ma_lai_xi_ya_.pdf
[3] http://www.epochtimes.com/gb/5/7/11/n981642.htm
[4] http://www.upholdjustice.org/node/153